Η εκκλησία της Παναγίας της Αλμυρής κτίστηκε τους πρώτους Χριστιανικούς χρόνους κατά τον ερχομό στην Κρήτη του Αποστόλου Παύλου.
Τότε που βρέθηκε ναυαγός στα νότια παράλια της Κρήτης και άρχισε να διδάσκει τον Χριστιανισμό, ενώ είχε ως τόπο διαμονής και κεντρικό σημείο διδασκαλίας του τον χώρο που είναι χτισμένη η εκκλησία.
Η διαμονή του και όλη η παρουσία του προκάλεσε την οργή του τότε άρχοντα της Φαιστού, ο οποίος έστειλε τον γιο του με σκοπό να απαλλαγεί από αυτόν.
Του έθεσε όρο να χτυπήσει το ραβδί του και να βγει αλμυρό νερό.
Έτσι κι έγινε, ο απόστολο Παύλος χτύπησε με το ραβδί του και βγήκε αλμυρό νερό.
Τότε ο γιος του άρχοντα συγκλονισμένος από το συμβάν όπως και οι περίοικοι έζησε το υπόλοιπο της ζωής του σε μια σπηλιά ως ασκητής στο σημερινό εκκλησάκι της Αγίας Παρασκευής.
Γύρω από την αλμυρή πηγή ο άρχοντας έκτισε την εκκλησία.
Στην πηγή σήμερα βρίσκεται ένα πηγάδι, όπου κατά την διάρκεια της θείας λειτουργίας την ημέρα την Αναλήψεως, ημέρα που γιορτάζει η ιερά αυτή μονή, εμφανίζεται αγίασμα.
Ο ναός της Παναγίας Αλμυρής βρίσκεται στην ανατολική πλευρά του ομώνυμου φαραγγιού και σε απόσταση περίπου ενός χλμ. από τον οικισμό Βουρβουλίτης.
Πρόκειται για δίκλιτο ναό στο μέσο αυλής γύρω από την οποία διατάσσονται νεόδμητα κτήρια ξενώνων που χρησιμοποιούνται από τους πολλούς προσκυνητές ενός από τα σημαντικότερα προσκυνήματα της ευρύτερης περιοχής.